Atle Vilder er 52 år gammal og bur i Gran på Vestlandet. Her har han budd i 28 år. Ein dag får han eit brev frå kona si Lise. Han har ikkje sett Lise på fleire år. Det er eit brev som set tankane i sving. Etter kvart vert han ført tilbake til heimbygda, og faren Bernhard som han braut med for mange år sidan. "Mørk materie" handlar om kjærleik, om å vere både far og son, om å velje sitt eige liv og om å gjere seg fri. Det handlar om å ha ein plan, som kanskje går på tvers av andre sine planar.